Convergences révolutionnaires

Quinine, chloroquine, hydroxychloroquine… Vie et destin d'une molécule

2020-05-07T09:12:47Z

(Image : Planche botanique de l'arbre de quinquina)

Vers 1620, le jésuite Agostino Salombrini, pharmacien en chef du collège Saint-Paul de Lima, s'enfonce dans la végétation épaisse qui orne les flancs de la Cordillère des Andes. Engoncé dans sa robe de bure noire, il suit péniblement deux Indiens quechua récemment évangélisés par son ordre, et chargés de lui indiquer les plantes pour calmer les fièvres tropicales dont ils sont régulièrement frappés. Arrivés devant un arbuste aux fleurs roses s'ouvrant en corolle blanche, les indigènes prélèvent l'écorce de la plante et font signe au prêtre : « kina-kina » [1]. Salombrini récupère également la précieuse écorce, ainsi que de jeunes pousses, il les plantera dans le jardin médicinal du collège jésuite. L'écorce, réduite en poudre, sera administrée avec succès à un jeune prêtre jésuite atteinte de la « fièvre tierce », ainsi qu'on appelait le paludisme à l'époque. Au fil des siècles, le traitement par la quinine va connaître un succès mondial puis finalement laisser place à tous les doutes.

Première époque : le fruit du pillage du Nouveau monde

1605 : le frère jésuite Agostino Salombrini s'installe à Lima et y cultive son jardin médicinal.

Dans le bouillonnement politique que connut l'Europe du xvi^e siècle, les Colomb et autres Magellan, premiers représentants de la bourgeoise conquérante, s'élancèrent à travers les océans à la recherche de nouvelles ressources. Dans leur sillage, les ordres religieux catholiques, dont les jésuites de la Compagnie de Jésus fondée en 1540 pour s'opposer notamment à la Réforme, initièrent un mouvement d'évangélisation chrétienne des populations indigènes du « Nouveau monde ». Les conversions forcées s'accompagnèrent de regroupements de population dans des habitations à proximité des monastères et collèges, ce qui permit d'une part de fournir une main d'œuvre sédentarisée à bas prix pour les exploitants de ressources naturelles, d'autre part d'offrir une relative protection aux Indiens tout en s'informant sur les différentes ressources que pouvait procurer le continent américain. Agostino Salombrini, en recueillant l'arbre de quinquina (Cinchona officinalis) et en le cultivant dans le jardin médicinal du collège Saint-Paul, ne faisait que suivre les préceptes de son ordre : recueillir le savoir ancestral des indigènes en matière de médecine traditionnelle pour le mettre à disposition du monde chrétien.

Les populations de la côte ouest sud-américaine utilisaient sans doute l'écorce de quinquina depuis des centaines, voire des milliers, d'années pour calmer les différentes fièvres dont ils étaient la cible. Réduite en poudre et bue en infusion, cette écorce largue son précieux principe actif, inconnu à l'époque : la molécule de quinine. Ce traitement fut également efficace contre le paludisme, maladie apportée initialement sur le continent par les différentes migrations de conquistadors, phénomène accentué au cours des siècles par la mise en place de la traite négrière entre l'Amérique, l'Europe et l'Afrique. En revanche, le remède ne fut malheureusement d'aucune utilité pour les Indiens face aux autres fléaux importés qui ravagèrent le continent durant les xvi^e et xvii^e siècles : variole, syphilis, tuberculose, typhus décimèrent la majorité de la population indienne. Par une cruelle ironie du sort, la découverte du traitement qui permit de sauver de nombreuses vies sur les continents européens et africains, coûta d'abord la vie de millions d'Indiens d'Amérique du Sud.

Écorce de l'arbre de quinquina (crédits : H. Zell)

Deuxième époque : mondialisation d'un remède traditionnel

1620 – Copiant les pratiques des populations autochtones, les jésuites mirent au point un traitement à base d'écorce des arbres de quinquina qu'ils cultivaient. Cette « poudre des jésuites » fut utilisée quelques années avec un certain succès dans les missions jésuites de la vice-royauté du Pérou pour traiter les malades du paludisme, notamment les membres de la noblesse locale.

1639, 1672… Le remède fait son arrivée sur le sol du « Vieux monde » dès 1639, alors qu'un autre prêtre le rapporte à Rome. Devant les résultats, l'ordre des jésuites obtient du Pape la production et la distribution exclusives du traitement. Ce dernier acquiert définitivement ses lettres de noblesse dans le monde catholique quand il est administré en 1672 au Grand Dauphin, fils de Louis XIV, par le médecin Robert Talbor. Face au rétablissement de l'héritier du trône, le roi ordonne la publication des observations et des résultats du médecin, consacrant l'écorce de quinquina comme un remède de la pharmacopée royale.

Ce succès se cantonne néanmoins aux élites des pays catholiques. Il s'agit d'une part d'un produit rare donc cher, et d'autre part les nations protestantes, notamment anglo-saxonnes, refusent d'admettre l'efficacité d'un remède « papiste », et distribué uniquement par les jésuites, ennemis jurés de tout ce qui s'écarte de la foi catholique. Pendant des années, ce sont donc les jésuites qui se chargeront de traiter les malades du paludisme, qui à l'époque ne se cantonnait pas aux zones tropicales. Le moustique vecteur de la maladie pullulait également dans toute l'Europe depuis son introduction durant l'Antiquité par les armées romaines passées par l'Afrique [2]. La Compagnie de Jésus conservera, jusqu'à sa dissolution en 1773, l'exclusivité de la production et de la distribution du traitement dans le monde entier : la première multinationale pharmaceutique fut une congrégation religieuse.

Troisième époque : au service de la colonisation

1775, 1789 – La dissolution de l'ordre religieux arrive à un moment de l'Histoire où la bourgeoisie s'affirme politiquement : les révolutions, américaine en 1775, puis française en 1789, sonnent le glas du pouvoir de la noblesse à l'échelle du globe. Certains grands noms de la science du xviii^e siècle, tels le chimiste Lavoisier et le physicien Carnot, participent à la Révolution française. Avec l'avènement de la bourgeoisie au pouvoir, les scientifiques issus de ses rangs posent les bases des sciences modernes. La chimie, la physiologie, la physique deviennent des disciplines à part entière.

1820 – L'évolution des pratiques scientifiques fit tomber la « poudre des jésuites » dans « le domaine public », de quoi donner un nouvel élan à la caractérisation moléculaire du traitement et à son utilisation. En 1820, Joseph Caventou et Joseph Pelletier, deux pharmaciens et chimistes, élèves au Collège de France de Nicolas Vauquelin, isolèrent de l'écorce de quinquina deux molécules : la quinine et la cincholine. Dans la foulée, le médecin François Magendie, un des fondateurs de la physiologie moderne, étudie la quinine et en détermine les doses efficaces pour lutter contre le paludisme.

Timbre de 1970 célébrant les 150 ans de la découverte de la quinine

Avec la découverte de la quinine, la médecine est entrée dans une nouvelle ère : de la médecine traditionnelle fondée sur des remèdes empiriques à base de plantes, on passe à la chimie médicinale basée sur une molécule unique comme principe actif. Dans les années 1820, Caventou et Pelletier capitalisent sur leur découverte en ouvrant une manufacture de production de sulfate de quinine comme traitement contre le paludisme. La caractérisation de la molécule se fait de plus en plus précise.

1854 – Sa formule chimique, c'est-à-dire sa composition atomique, est identifiée en 1854, et sa structure moléculaire, c'est-à-dire l'ordre dans lequel les atomes s'organisent dans l'espace, à la fin du xix^e siècle. Isolée et purifiée, la quinine va alors devenir un outil de choix dans la conquête des empires coloniaux par les puissances impérialistes européennes.

Fin du XIX^e siècle – Celles-ci ont envoyé leurs armées à l'autre bout du monde pour se tailler à coups de fusil et de sabre de vastes empires riches en matières premières. Les pays colonisés étant souvent situés sous les latitudes tropicales, ils sont sujets aux épidémies de paludisme dont la quinine est le seul remède efficace connu. La France fonde ainsi dans de nombreuses colonies des Instituts Pasteur, relais de l'illustre institution créée par Louis Pasteur à Paris en 1887 : celui d'Indochine ouvre en 1891, bientôt suivi par ceux de Tunis (1893) et d'Alger (1894), ainsi que de nombreux autres [3]. Les médecins missionnaires troquent la bure noire pour le costume de coton blanc, et remplacent les évangélistes jésuites dans leur fonction de contrôle social des populations indigènes, sous couvert de santé publique. Le paludisme est perçu comme « le plus grand obstacle à la colonisation » [4], et la quinine est produite en masse pour soigner les soldats des armées colonisatrices ainsi que les colons qui s'installent dans les pays occupés.

L'institut Pasteur d'Alger

Quatrième époque : tentatives de reconversion

Dans la première moitié du xx^e siècle, les deux guerres mondiales auxquelles se sont livrées les puissances impérialistes ont non seulement rebattu les cartes sur les plans géopolitique et économique, mais également scientifique.

1934 – Durant l'entre-deux guerres, les firmes pharmacologiques de tous les pays occidentaux essayaient de produire des molécules dérivées de la quinine, aussi efficaces sinon plus, contre le paludisme que la molécule d'origine. L'entreprise allemande Bayer, futur géant mondial de la pharmaco-chimie, avait ainsi synthétisé en 1934 une nouvelle molécule, le diphosphate de chloroquine, en modifiant une partie de la structure moléculaire de la quinine.

1944 – Pendant la Deuxième Guerre mondiale, les troupes américaines et japonaises s'affrontent dans les forêts tropicales du Pacifique où prolifèrent les moustiques vecteurs du paludisme. La quinine commence à montrer ses limites : elle est coûteuse à produire, les tentatives d'en obtenir par synthèse chimique se soldent par des échecs [5], et sa toxicité, jusque-là négligée devant le danger du paludisme, fait parler d'elle. Pour la première fois depuis sa découverte, la quinine déçoit. On lui attribue un nombre important d'effets secondaires sur le système nerveux et des lésions des vaisseaux sanguins.

1949, 1950… – Devant ces risques, la molécule de chloroquine, synthétisée dès 1934 mais jugée initialement trop nocive pour l'organisme, sera finalement commercialisée sous une forme légèrement modifiée à la fin de la Deuxième Guerre mondiale, en 1949, en France et aux États-Unis. Cette nouvelle « molécule miracle » pour le traitement du paludisme n'a pas résisté non plus au mésusage prôné par des médecins peu regardants. L'un d'entre eux, au Brésil, propose dès les années 1950 de prendre ce traitement en prévention, associé au sel de table. La généralisation de la consommation de la chloroquine, à des doses où elle n'est pas assez efficace pour lutter contre le paludisme, a eu pour effet de faire naître des résistances chez le parasite responsable du paludisme (Plasmodium falciparum) [6]. De nouveau, les laboratoires pharmaceutiques se tournent vers un dérivé de la molécule pour tenter de conserver leurs « parts de marché ». Tous les regards sont braqués vers l'hydroxychloroquine, produite par une modification de la composition chimique de la chloroquine au début des années 1950. Mais l'histoire se répète, et l'utilisation de l'hydroxychloroquine dans le traitement du paludisme fait également apparaître des résistances chez le parasite.

Années 1960 – On cherche alors à reconvertir la quinine, la chloroquine et l'hydroxychloroquine. On les propose pour les crampes musculaires ou dans le traitement de maladies auto-immunes comme des lupus responsables de rhumatismes. Malgré quelques résultats, force est de constater qu'elles ne sont plus que l'ombre des « traitements miracles » utilisés avec enthousiasme pendant 300 ans. Pire, on découvre des interactions négatives avec d'autres médicaments [7] : la quinine et ses dérivés sont devenus dangereux [8].

Cinquième époque : acharnement thérapeutique

Début des années 2000 – Pourtant, les scientifiques ne désespèrent pas de leur trouver une nouvelle utilité. Comme si, au regard de la gloire passée de ces molécules, on ne pouvait décemment pas les laisser couler une retraite paisible, loin des affres de la maladie. Ainsi, à chaque apparition d'un nouvel agent infectieux, on teste l'efficacité de la chloroquine. In vitro, c'est-à-dire sur des cellules infectées par le virus mais cultivées en laboratoire, on note ici une action intéressante contre le virus Ebola ; puis une activité non-négligeable sur le premier virus SARS des années 2003-2004. Mais rien de probant une fois appliqué à l'échelle de l'organisme.

2020 – Dernièrement, c'est donc ce professeur de médecine de Marseille, au look soigneusement débraillé, qui a tenté de récupérer un peu de la célébrité de la molécule. Il s'appuie sur des essais menés en laboratoire initialement par une équipe chinoise et montrant un semblant d'activité contre le virus responsable du Covid-19. Il tente de forcer la décision des autorités, joue avec l'opinion publique, enjoint presque les médecins à passer outre les appels à la prudence devant les nombreux effets indésirables [9]. Les premiers décès dus à un surdosage ou à des complications commencent à apparaître dans la presse [10]. Triste déclin pour cette molécule : ancienne star de la médecine, elle a tenté de multiples « come-back » manifestement pas franchement convaincants…

Depuis 400 ans précisément, la quinine a accompagné les évolutions de la société. Révélée au monde lors de ses premiers succès thérapeutiques contre le paludisme, la quinine a servi le progrès scientifique au moment où les démocraties bourgeoises prenaient le pas sur les vieilles monarchies européennes, pour finalement devenir un outil médical au service des conquêtes coloniales. Aujourd'hui, la molécule se maintient tant bien que mal en activité, espérant trouver une dernière utilité… À titre de métaphore, un destin préfigurant celui de la bourgeoisie ?

Simon Costes

Bibliographie :

Sur la quinine et le traitement du paludisme en général, on peut lire trois articles de vulgarisation parus sur le site mediachimie.org : http://www.mediachimie.org/actualite/2020-bicentenaire-de-la-découverte-de-la-quinine.

Sur l'importance de la quinine et le rôle des instituts Pasteur dans le traitement du paludisme dans l'empire colonial français, l'article « Le laboratoire et le bled. L'Institut Pasteur d'Alger et les médecins de la colonisation dans la lutte contre le paludisme (1904-1939) » de Claire Fredj apporte un éclairage édifiant et très complet : http://scielo.isciii.es/scielo.php?script=sci_abstract&pid=S0211-95362016000200003 (accès libre).

[1] L'origine étymologique du mot « quinine » à partir du terme quechua « kina-kina » signifiant « écorce des écorces » reste contestée.

[2] Un article (en anglais) évoque cette propagation de la maladie en Europe depuis l'Antiquité jusqu'au xix^e siècle : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ar... (accès libre)

[3] On compte encore aujourd'hui 30 Instituts Pasteur répartis sur les cinq continents, véritables reliquats de la période coloniale de la France (https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%...).

[4] Selon le médecin Paulin Traulard, de l'iInsttut Pasteur d'Algérie.

[5] En 1944, une équipe américaine affirme avoir réussi à synthétiser la quinine. Ces résultats sont remis en question car il a été impossible de les reproduire jusqu'en 2001, date à laquelle une autre équipe a mis au point une nouvelle méthode de synthèse de la molécule.

[6] À titre d'illustration, la chloroquine ne peut plus être utilisée depuis 1995 en Guyane du fait de la résistance du parasite au traitement.

[7] La chloroquine interagit notamment avec des antibiotiques utilisés très couramment comme l'ampicilline ou la ciclosporine.

[8] En France, l'Agence nationale de sécurité du médicament a classé l'hydroxychloroquine sur la liste des substances vénéneuses en 2019.

[9] htps ://www.lemonde.fr/planete/artic...

[10] https://www.lemonde.fr/sante/articl...

Dépistage du Covid-19 : Au-delà des effets d'annonce du gouvernement, la réalité des tests diagnostiques

2020-04-25T13:43:53Z

(Photo : Résultats d'une PCR sur différents échantillons en laboratoire )

Sommés par Macron de trouver des dispositions pour une sortie de confinement le 11 mai, Philippe et Véran se sont retrouvés devant la presse dimanche 19 avril avec finalement bien peu à annoncer. Une mesure fait cependant particulièrement parler d'elle : la mise en place d'un dépistage massif de la maladie avec 500 000 tests prévus par semaine à compter du 11 mai. 500 000 en une semaine, c'est plus que tous les tests qui ont déjà été effectués en deux mois, depuis le début de l'épidémie en France. Avec cette campagne de dépistage, la France s'aligne sur les autres pays ayant déjà recours massivement aux tests, comme la Corée du Sud ou l'Allemagne, mais avec deux mois de retard [1]. Au fait, de quoi parle-t-on quand on évoque ces tests ? Entretien avec une biologiste moléculaire qui nous en explique le fonctionnement et les problèmes posés par l'annonce du gouvernement.

On parle beaucoup de « tests », sans savoir exactement s'il en existe plusieurs, ni quelles sont leurs caractéristiques. Est-ce que tu peux nous préciser quels sont les tests actuellement utilisés ?

À l'heure actuelle, il existe deux principales techniques sur lesquelles se basent les tests diagnostiques :

– les tests PCR (pour « Polymerase Chain Reaction » en anglais, réaction en chaîne par polymérase) consistent à rechercher directement le virus responsable de la maladie, le SARS-Cov-2, dans des prélèvements effectués dans la cavité nasale du patient. Ils donnent donc une information sur l'état d'infection d'une personne à un instant donné ;

– les tests sérologiques supposent de rechercher dans le sang du patient les traces de la réaction immunitaire qu'a déclenchée le virus en l'infectant, c'est-à-dire les anticorps produits après le contact avec le virus. Ces tests indiquent alors si une personne a déjà été en contact ou non avec le virus, mais ne permettent pas de savoir si la personne est toujours contagieuse ou non.

Comment fonctionnent les tests PCR, qui sont les plus utilisés par les pays dépistant massivement, comme l'Italie ou la Corée du Sud ?

Les tests PCR consistent à détecter les traces du virus dans l'organisme. Ils nécessitent des prélèvements nosopharyngés, effectués à la jonction entre la cavité nasale et le pharynx. Pour cela, on utilise un écouvillon que l'on insère jusqu'en haut de la cavité nasale et qui va récupérer une partie des sécrétions, ainsi que des cellules de la muqueuse, à partir desquelles on va essayer de détecter le virus. Des études chinoises montreraient que l'on peut retrouver du virus chez un patient atteint du Covid-19 jusqu'à 37 jours après les premiers symptômes, mais on considère que la moyenne de persistance du virus dans l'organisme est de 14 jours et dépend de la gravité des symptômes.

Quelles sont les étapes pour ces tests et quel temps cela prend-il ?

Une fois le prélèvement effectué, on se retrouve avec un échantillon qui contient à la fois des cellules du patient, avec leur matériel génétique (sous forme d'ADN et d'ARN), ainsi que d'éventuels virus, avec leurs propres matériels génétiques (sous forme d'ARN dans le cas du SARS-Cov-2). L'objectif va donc être de détecter les traces du matériel génétique du virus, en quantité parfois faible, parmi celui des cellules humaines, en beaucoup plus grande quantité. Si on en trouve, cela signifie que le virus est présent chez le patient.

La première étape consiste à isoler le matériel génétique, humain et celui du virus, de tout ce qui pourrait perturber la détection : mucus, protéines, membranes cellulaires, etc. Cette étape est réalisée au sein d'une première machine qui peut traiter presque 50 prélèvements en deux heures.

La deuxième étape consiste à détecter le matériel génétique du virus, s'il est présent. Si c'est le cas, il l'est généralement en trop faible quantité, il faut donc le multiplier. Pour cela, le prélèvement est déposé au sein d'une deuxième machine, appelée amplificateur, dont le rôle va être d'amplifier indistinctement tout le matériel génétique, c'est-à-dire d'en faire de nombreuses copies afin qu'il soit en quantité suffisamment importante pour être identifié. Cette étape est réalisée par une enzyme, une grosse molécule protéique, appelée polymérase, ce qui donne son nom à la technique de Réaction en chaîne par polymérase (« Polymerase Chain Reaction », PCR, en anglais).

Enfin, pour détecter le matériel génétique du virus, on va utiliser des sondes fluorescentes moléculaires qui vont venir se fixer spécifiquement à l'ARN du virus. Le prélèvement d'un patient positif au Covid sera donc fluorescent et détecté par les capteurs de l'amplificateur. Cette étape dure également environ deux heures.

En comptant les temps de latence entre les deux étapes (isolement / organisation et détection), on peut obtenir avec les machines actuelles le résultat d'environ 50 tests au bout de six heures.

Où se trouvent les machines en question en France ?

On en trouve principalement dans les laboratoires des hôpitaux universitaires, dans les services spécialisés de biologie moléculaire. Ce sont eux qui aujourd'hui assurent le plus gros volume de tests à l'échelle nationale. Mais on peut également trouver des machines qui effectuent des tests unitaires dans des structures moins spécialisées, comme les urgences d'un petit centre hospitalier, les services de réanimation lors des heures de garde, ou du week-end, et naturellement dans les laboratoires privés de ville. Dans ce type d'endroit, on aura des machines qui font des tests au coup par coup, le prix du test sera donc très cher, mais on aura un résultat en 45 minutes.

Comme tu l'as évoqué plus haut, il existe un autre type de test dit « sérologique », quelle est la différence avec les tests PCR ?

Les tests sérologiques consistent à détecter les traces du passage du virus dans l'organisme, donc après la phase d'infection et la réaction immunitaire qui a suivi.

Après la phase dite aiguë de la maladie, un patient aura développé dans son organisme de grosses molécules qui sont spécifiques du virus : les anticorps. Ces anticorps ont pour but d'activer les défenses immunitaires de l'organisme dès qu'il sera confronté une nouvelle fois à la présence du virus. Il en existe de deux catégories : les immunoglobulines M (IgM) et les immunoglobulines G (IgG). Les IgM sont les premiers anticorps produits par l'organisme et donc les premiers détectables à la suite d'une infection. Mais ils ne sont produits qu'en faible quantité, c'est pour cela qu'on essaie également de détecter les IgG, présentes plus tardivement mais en plus grande quantité, donc plus facilement détectables.

Structure moléculaire d'une immunoglobuline G (crédits : Gareth White / CC BY-SA)

Ces molécules se trouvent dans le sang, une seule goutte est théoriquement suffisante pour détecter leur existence. En pratique, du fait des seuils de détection, on réalise une prise de sang chez les patients afin d'augmenter la quantité de molécules d'anticorps détectables.

Comment se passe la détection dans ce cas-là ?

Les IgM et IgG sont ensuite détectées directement à partir du prélèvement sanguin. Celui-ci va être déposé sur une plaque qui va capturer les anticorps spécifiquement dirigés contre le SARS-Cov-2, s'ils sont présents. Une molécule fluorescente capable également de se fixer à ces anticorps va ensuite être ajoutée à la plaque. S'il y a fluorescence, cela signifie que la molécule fluorescente s'est bien fixée aux anticorps, donc que ceux-ci sont présents dans le prélèvement sanguin.

Dépistage du VIH

À partir de quand peut-on détecter ces anticorps chez une personne infectée ?

Dans le cas du SARS-Cov-2, la détection des anticorps chez une personne infectée serait possible à partir de une à deux semaines après l'apparition des symptômes, et jusqu'à sept semaines après le déclenchement de la maladie. Impossible donc de savoir avec ces tests si le patient est encore contagieux ou pas, puisqu'il peut encore avoir des anticorps dans le sang, mais on s'interroge encore sur la présence du virus dans le sang à ce stade-là. On peut seulement savoir si le patient a été en présence de la maladie. Ces tests ont donc surtout un rôle épidémiologique pour déterminer quel pourcentage de la population a vraiment été contaminée par le virus, et notamment de déterminer le nombre de patients asymptomatiques, ainsi que de savoir si la personne testée est susceptible d'être considérée comme immunisée ou pas, suivant son taux d'anticorps.

On entend parler de résultats incertains pour ces tests, est-ce qu'ils sont réellement efficaces ?

Selon le test auquel on s'intéresse, on peut être confronté à un certain nombre de limites qui ne sont pas encore levées.

La sensibilité, c'est-à-dire la capacité de détection, des tests PCR est relativement basse, puisqu'on estime à au moins 30 % de « faux négatifs » parmi les résultats. Ce qui signifie que près d'un tiers des résultats de ces tests renvoient une absence de virus dans le prélèvement alors que le patient est réellement infecté.

Les tests sérologiques sont eux beaucoup plus sensibles mais présentent de leur côté des soucis de spécificité. C'est-à-dire qu'un résultat positif de ces tests peut également être dû à la présence d'anticorps très similaires à ceux du SARS-Cov-2 mais produits par d'autres maladies, notamment la grippe et les rhumatismes.

Aujourd'hui, quelles sont les capacités de production des tests ?

La capacité de mise en place de ces tests n'échappe pas au contexte de concurrence capitaliste exacerbée qui touche tous les produits médicaux. Ainsi, les unités hospitalières capables d'effectuer un grand volume de tests montent actuellement jusqu'à 750 tests par jour. Pour atteindre les 500 000 tests par semaine, il faudrait donc démultiplier les machines (et les produire !), embaucher et former le personnel, élargir les amplitudes horaires…

Les consommables, comme les écouvillons, nécessaires aux tests PCR sont également en rupture de stock depuis deux semaines, les soignants chargés du prélèvement se débrouillent avec ce qu'ils ont sous la main. Sans compter qu'un certain nombre de consommables sont produits dans des pays comme l'Italie, eux aussi sujets à l'épidémie, et qui ont adopté la même stratégie de tests à grande envergure.

Le gouvernement a annoncé la mise en place d'un dispositif de dépistage de 500 000 tests par semaine, qu'est-ce que tu en penses ?

À gauche : nombre de tests journaliers pour 1 000 habitants
À droite : nombre de cas confirmés de Covid-19 par million d'habitants
(source : Our World in Data)

Au 14 avril, la France aurait mené près de 464 000 tests diagnostiques pour détecter le Covid-19 chez des patients, soit 0,66 % de la population. Une paille quand on sait qu'au même moment, l'Italie, dont la taille et l'âge de la population sont similaires à la population française, en aurait effectué presque 1 074 000, et les États-Unis, 2 935 000 [2]. Et même ces chiffres, bien supérieurs à la capacité de test de la France, semblent dérisoires devant l'ampleur de la tâche à effectuer : c'est-à-dire tester un pourcentage significatif de la population pour connaître avec précision la rapidité et l'ampleur de l'épidémie. Tester une personne une seule fois ne s'avère en effet pas suffisant : si elle a été diagnostiquée négative, elle peut très bien être contaminée après son test, et ne pas être détectée. Il faut donc prévoir de tester massivement, plusieurs fois, les personnes susceptibles de se déplacer et de contracter ou de participer à la propagation de la maladie. Parce que ne pas connaître le nombre réel de cas, ou du moins en avoir une estimation trop éloignée de la réalité, ne peut avoir pour conséquence qu'une mauvaise anticipation de la réponse des services de santé devant la maladie, déjà bien affaiblis par des années de restrictions budgétaires, et amener à toujours plus de décès.

Dès le 16 mars, le directeur général de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) faisait déjà passer le message suivant aux nations touchées par le Covid-19 : « Testez, testez, testez. » [3] Mais la plupart des États les plus riches du globe n'en ont pas vraiment tenu compte puisqu'à l'époque, la France avait procédé à 37 000 tests depuis le 24 février, c'est-à-dire un peu plus de 1 700 tests par jour. Dans ces conditions, difficile de vraiment connaître le nombre de personnes contaminées et de lutter efficacement contre la maladie…

Propos recueillis par Simon Costes

[1] https://www.lemonde.fr/planete/arti...

[2] https://ourworldindata.org/grapher/full-list-total-tests-for-covid-19

[3] https://news.un.org/fr/story/2020/03/1064142

À propos de la polémique sur le traitement du Pr Raoult : un espoir instrumentalisé par des démagogues

2020-04-18T17:50:59Z

(Illustration : la molécule d'hydroxychloroquine.)

Le 26 février, le professeur Raoult, patron de l'Institut hospitalo-universitaire (IHU) de Marseille annonçait dans une vidéo « Fin de partie pour le Covid-19 ». Il affirmait avoir trouvé un traitement efficace à base de chloroquine, un médicament couramment utilisé depuis longtemps contre le paludisme. Cette affirmation a très vite été contestée par d'autres médecins, car Raoult ne s'appuyait que sur ses observations et non sur des études cliniques comparatives. Or, le moyen le plus efficace pour déterminer l'activité réelle d'un traitement consiste à comparer deux groupes de malades équivalents par l'âge, le sexe, l'état de santé et d'avancement de la maladie. Un groupe reçoit le traitement qu'on veut tester et l'autre un traitement standard ou un placebo, sans que les malades sachent quel traitement on leur administre. Ce qu'on appelle, dans le langage des chercheurs « une étude en double aveugle randomisée », c'est-à-dire où les participants sont choisis au hasard.

De Douste-Blazy à Cyril Hanouna, en passant par Christian Estrosi (ancien ministre de Sarkozy), Gilbert Collard (du RN) et Jean-Marie Bigard, « La chloroquine pour tous » ?

Quelques études sur le traitement du Covid-19 par la chloroquine ont été publiées, mais elles ne portaient pas sur un nombre suffisant de patients pour être déterminantes. Malgré l'incertitude sur l'efficacité du traitement, les annonces spectaculaires de Raoult ont suscité un immense espoir. Au point qu'on a vu apparaître sur les réseaux sociaux des sites dédiés au soutien à Raoult, allant jusqu'à revendiquer « de la chloroquine pour tous ». Des politiciens de la région Paca, au premier rang desquels apparaît Philippe Douste-Blazy, ancien ministre de Chirac, ont lancé une pétition pour que le traitement Raoult soit généralisé. Celle-ci a recueilli près de 500 000 signatures. D'autres médecins, tout aussi expérimentés que Raoult, ont eu beau souligner les faiblesses des études et le fait qu'on ne peut régler un tel problème par voie de pétitions, l'engouement n'a pas faibli. Au point qu'un sondage indique que 59 % de la population croirait à l'efficacité du traitement à la chloroquine.

Toutes sortes de démagogues étrangers au monde de la médecine se sont précipités pour faire de Raoult leur champion, de l'ancien ministre de Sarkozy, Christian Estrosi (qui affirme avoir été guéri lui-même grâce à la chloroquine) à Gilbert Collard du Rassemblement national, au comique Jean-Marie Bigard et à l'animateur TV Cyril Hanouna. Ce succès semble autant lié au désarroi d'une partie de la population devant le danger de la maladie qu'à la défiance vis-à-vis des autorités, politiques comme sanitaires. Les mensonges du gouvernement, entre autres sur l'inutilité de porter des masques, son incapacité à faire face à la situation, et l'état des services de santé sont à l'origine de cette défiance légitime.

Conflits d'intérêts, lesquels ?

À celle-ci s'ajoutent des soupçons de conflits d'intérêts entre le ministère de la santé et les grandes entreprises pharmaceutiques. Raoult lui-même est pourtant bien loin d'être un franc-tireur combattant le système comme il se présente lui-même. Ce grand mandarin en est un pur produit [1]. Il faisait partie encore récemment du conseil scientifique de Macron et est la tête d'un des plus importants instituts hospitalo-universitaires du pays. Dans le conseil d'administration de cet IHU, on trouve d'ailleurs… Douste-Blazy et quelques autres signataires de la pétition. L'IHU de Marseille entretient également des liens étroits avec l'industrie pharmaceutique, notamment avec Sanofi et Mérieux.

Malgré cela, beaucoup de gens sont convaincus que Raoult serait la victime d'un complot destiné à empêcher la diffusion de son traitement, la chloroquine étant un médicament peu coûteux. Le fait qu'une des scientifiques qui le critiquent, Karine Lacombe, ait elle-même reçu pour ses recherches des subventions des laboratoires Gilead contribue à les renforcer dans leur conviction.

Dans cette affaire, ce sont d'autres géants de l'industrie pharmaceutique qui pourraient bien tirer leur épingle du jeu. Sanofi et Bayer, sans doute trop heureux de profiter de l'aubaine et de trouver de nouveaux débouchés pour cette molécule, ont ainsi sauté sur l'occasion de relancer leur production de chloroquine, en berne depuis sa perte d'efficacité dans le traitement du paludisme. Néanmoins Sanofi a cru bon de se fendre d'un communiqué pour souligner que l'efficacité de la chloroquine contre le Covid-19 n'était pas établie et que l'usage de ce médicament pouvait entraîner des effets secondaires dangereux [2]. Sans doute dans le but de ne pas être tenu pour responsable de ces effets négatifs.

Quand Macron tente de récupérer le « mouvement Raoult »

Sous la pression du buzz médiatique et des sondages, le gouvernement a sorti une directive autorisant les hôpitaux à administrer le traitement Raoult pour les cas graves. Directive purement démagogique, vu que les médecins administrent les traitements de leur choix, comme le fait Raoult lui-même, sans se préoccuper de l'avis de Macron. Mais les partisans de Raoult auraient voulu que cette autorisation soit étendue aux médecins de ville. Or le traitement à la chloroquine, en raison de potentiels effets secondaires, exige un suivi cardiaque des patients que seuls les hôpitaux sont en mesure d'effectuer.

Macron lui-même s'est senti obligé d'aller rendre visite à Raoult, sans doute dans l'espoir de récolter un peu de sa popularité. En effectuant cette visite, il a évité de trop s'engager pour ne pas prendre le risque de subir les conséquences d'un désaveu du traitement. Il a déclaré que ce traitement devait être testé. [3] Néanmoins, cette visite n'a pu que renforcer l'aura de Raoult, alors que des milliers d'autres chercheurs planchent sur le sujet dans le monde.

(Photo : Emmanuel Macron et Didier Raoult, 9 avril 2020. DR)

Les études en cours

Plusieurs grandes études ont été lancées en France et dans divers pays, le traitement Raoult n'est qu'un de ceux qui sont et vont être testés. Mais certaines études préliminaires commencent déjà à être publiées et semblent confirmer l'inutilité, voire la dangerosité de l'utilisation de la chloroquine contre le Covid-19 [4]. Nous devrions donc être fixés, sinon dans les prochains jours, au moins dans les prochaines semaines, et même si les partisans de Raoult les plus acharnés rejettent par avance ces résultats, pour diverses raisons en particulier que le protocole ne serait pas exactement le même que celui de leur champion. Raoult lui-même récuse désormais la méthodologie scientifique comparative traditionnelle pour disqualifier ces études. Ce qui, en-dehors du contexte, pourrait prêter à sourire quand on sait que l'Inserm et le CNRS se sont officiellement distanciés de l'IHU de Marseille en janvier 2018 [5], en pointant de nombreuses irrégularités dans la manière dont Raoult menait ses propres études.

Le plus raisonnable est bien entendu d'attendre les conclusions des études à venir, les explications, questions et débats qui suivront. Comme le soulignent de nombreux médecins, l'urgence ne peut justifier l'abandon de la rigueur scientifique. Ce souci de la méthode n'est en effet pas un simple accessoire dont se pareraient des scientifiques réfugiés dans leur tour d'ivoire : il n'est pas rare que des études préliminaires montrent des résultats encourageants, par la suite démentis par des études plus poussées. Ce fut d'ailleurs déjà le cas de la chloroquine pour le traitement d'Ebola et du chikungunya [6]. D'autant qu'une administration inconsidérée de ce traitement pourrait faire davantage de mal que de bien. Déjà l'automédication suscitée par le buzz a provoqué des dégâts : des personnes qui n'étaient pas en danger ont été victimes de crises cardiaques.

Cette affaire nous montre une fois de plus comment, en situation de crise et de danger, sous l'influence de démagogues, une partie de la population peut sombrer dans des croyances et comportements irrationnels.

Gérard Delteil

[1] https://www.mediapart.fr/journal/fr...

[2] https://www.boursorama.com/actualit...

[3] https://www.rtl.fr/actu/politique/c...

[4] https://www.pourlascience.fr/sr/cov...

[5] https://marsactu.fr/didier-raoult-i...

[6] https://medium.com/@JustineHVet/chl...

Impossible d'être prêts pour une pandémie ? Pas si sûr

2020-04-16T13:22:44Z

Depuis le début de la crise sanitaire on nous rebat les oreilles – du côté du Pouvoir – sur le fait qu'il était impossible d'être préparés à l'émergence d'une pandémie, et que c'était son caractère inattendu et soudain qui expliquait les retards à l'allumage de Macron et de son gouvernement. Imprévisible cette pandémie ? Si l'on parle de connaître précisément la date de son déclenchement, sûrement. Inattendue, en revanche, c'est tout sauf certain, comme en témoigne, depuis quelques semaines dans les médias, la redécouverte des avertissements contre une possible pandémie.

(Carte :
Pays où la grippe aviaire (2007) a touché des animaux (en rouge),
ainsi que des humains (en bordeaux)

Des avertissements scientifiques…

En 2005 paraissait un livre intitulé Pandémie, la grande menace de la grippe aviaire (éditions Fayard, cité par Le Canard enchaîné du 8 avril 2020). Il avait été écrit par les professeurs Jean-Philippe Derenne et François Bricaire, alors pneumologue et infectiologue à l'hôpital de la Salpêtrière à Paris. Pour faire face à la menace d'épidémie que faisait planer le virus H5N1, les deux scientifiques préconisaient un certain nombre de mesures, prémonitoires au vu de la situation actuelle.

D'abord, un confinement le plus strict possible, les auteurs soulignant même « qu'il n'existe pas d'alternative à la fermeture de tous les magasins d'alimentation ». On imagine d'ici les problèmes posés par cette mesure pour être efficace : nécessité de prévoir des stocks de nourriture importants, mise en place d'un rationnement, ou au moins d'une planification de la distribution alimentaire. Un cauchemar pour un capitaliste qui ne raisonne que sur le profit à court terme.

Ensuite, l'extension de la réanimation : « il convient d'affecter transitoirement à des activités de réanimation des secteurs qui ne le sont pas. Un équipement minimal est nécessaire. Cela concerne principalement les respirateurs. Il convient de faire un état des stocks, y compris ceux considérés comme obsolètes, et de s'assurer de leur état de marche… » Si l'on suppose que c'est bien ce qui a fini par avoir lieu dans les hôpitaux devant l'afflux de malades en réanimation, on se doute également que la réorganisation des hôpitaux de ces dernières années, et les liquidations de stocks et de lits d'hôpitaux qui ont suivi, n'ont pas aidé à appliquer cette mesure dans les meilleures conditions.

Enfin, la formation du personnel soignant : « l'arrivée brutale de patients présentant en grand nombre des signes cliniques respiratoires inquiétants doit susciter une vaste campagne de formation des médecins, des infirmières et, plus généralement, de tous les personnels soignants. Il est indispensable que chacun soit capable d'évaluer la sévérité de l'état respiratoire et, en cas de besoin, de pratiquer les gestes élémentaires de réanimation : ventilation au masque, intubation, etc. Rien que pour les soignants cela fait plus de deux millions de masques par jour de pandémie. » Cette pénurie de masques que nous vivons actuellement, qui met en danger non seulement les soignants exposés au virus, mais également l'ensemble des travailleurs sommés d'aller pointer à l'usine, était donc envisageable depuis bien longtemps.

… et littéraires

Plus près de nous, Deon Meyer, dans un roman de science-fiction paru en France en 2017 et intitulé L'année du lion (Le Seuil) imaginait un monde dévasté par… un coronavirus. Dans une interview qu'il a donnée au Monde (14 avril 2020), il explique que « beaucoup de scientifiques ont averti qu'une pandémie se préparait, et personne n'a semblé les écouter ». Et il connait d'autant mieux la question qu'avant d'écrire ce livre il a pris conseil auprès d'éminents virologues.

On peut toujours se rassurer en se disant que les gouvernements ne prennent pas forcément connaissance de tout ce qui s'écrit sur les maladies ou du livre catastrophe d'un écrivain sud-africain. Le problème est plutôt que ces mêmes gouvernements n'attachent qu'un intérêt limité, voire nul, aux alertes qui leur sont directement adressées, préférant laisser le champ libre à l'économie et se refusant à toute planification sur le long terme.

« Il n'est pire sourd que celui qui ne veut pas entendre »

Pourtant, en 20 ans, les rapports rédigés par les services de renseignement des différents pays occidentaux furent nombreux.

Prenons Barack Obama. Sous sa présidence, après l'épidémie de SRAS de 2003-2004, 25 experts de la CIA (Central Intelligence Agency), qui s'étaient appuyés sur une masse impressionnante de recherches, publiaient un rapport intitulé Le nouveau rapport de la CIA : comment sera le monde en 2025 ? (une édition française est parue chez Robert Laffont en février 2009).

Dans la partie intitulée Le déclenchement possible d'une pandémie mondiale, ils exprimaient la crainte de voir « l'apparition d'une nouvelle maladie respiratoire humaine virulente, extrêmement contagieuse, sans traitement adéquat ». Et de poursuivre : « La maladie pandémique se manifestera sans doute dans une forte densité de population, de grande proximité entre humains et animaux. » Ils soulignaient enfin « la dégradation des infrastructures vitales et les pertes économiques » que provoquerait la pandémie.

En France, en 2005, le rapport parlementaire « sur le risque épidémique » décrivait ainsi les conditions de protection contre une telle épidémie, le temps de trouver un médicament puis un vaccin : « Si nous entrons dans une phase pandémique contagieuse d'homme à homme, une des trois méthodes pour lutter contre une telle épidémie est la mise en place de barrières physiques, ce qui implique que les personnes en contact avec le public puissent disposer de masques adaptés à la pandémie. […] Les autorités, interrogées par vos rapporteurs, pensent que des masques classiques, de type masques de chirurgien, n'offriraient qu'une protection extrêmement limitée. Il serait souhaitable de disposer de modèles extrêmement efficaces mais relativement coûteux. […] La mise à disposition de masques en nombre suffisant aurait certainement un coût très élevé mais, en même temps, aiderait à limiter la paralysie du pays. Vu sous cet angle, il convient de relativiser le coût. » Éloquent.

De son côté Le Canard enchaîné (toujours lui) s'est amusé à retrouver les différents rapports sur le sujet envoyés par les services officiels aux présidents Sarkozy, Hollande et Macron. En juillet 2008, alors que Nicolas Sarkozy siégeait à l'Élysée, le Livre blanc sur la défense et la sécurité nationale prédisait un « risque plausible… d'une pandémie massive à forte létalité dans les quinze années à venir ». En avril 2013, un nouveau Livre blanc sur la défense, préfacé cette fois par François Hollande, soulignait : « Le risque existe d'une nouvelle pandémie… hautement pathogène, résultant de l'émergence d'un nouveau virus qui aura franchi la barrière des espèces. » Enfin, en décembre 2017, cette fois sous Emmanuel Macron, la Revue stratégique de défense et de sécurité nationale, éditée par le ministère des armées, contenait un article intitulé Risques sanitaires qui soulignait lui aussi « le risque d'émergence d'un nouveau virus franchissant la barrière des espèces ».

Le profit, avant tout

En fait, depuis longtemps, les signaux étaient au rouge. Mais nos gouvernants n'en ont presque jamais tenu compte. D'où vient leur comportement ? D'un manque d'intelligence ? Certainement pas. Dans les cabinets ministériels, les têtes d'œuf sorties des grandes écoles sont légion. Mais leurs préoccupations essentielles ne sont pas la santé de la population. Comme l'avait dit Macron à peine élu, la tâche principale était de rendre la France attractive aux investisseurs (mais cela était aussi la politique de Sarkozy et de Hollande). Et pour cela l'argent facile coulait à flots pour les entreprises alors que dans le même temps – rigueur budgétaire oblige – on continuait à asphyxier le service public de la Santé, à procéder à de coupes claires dans les services sociaux, etc. En bref, à s'asseoir sur le principe de précaution sanitaire.

Alors, certes, on peut penser qu'il y a eu une sorte de réaction en 2009 avec la pandémie de grippe A H1N1 qui toucha la planète. La ministre de la Santé de l'époque, Roselyne Bachelot, qui avait commandé des dizaines de millions de vaccins et constitué une réserve de masques de plusieurs millions de pièces, en profite même aujourd'hui pour se pavaner dans les médias et paraître a posteriori comme « celle qui savait réagir ». Mais c'est oublier que cette même ministre est à l'origine d'une loi qui porte son nom et qui a un peu plus accéléré la casse de l'hôpital public, aujourd'hui dans la tourmente. En introduisant la gestion des hôpitaux par des cadres qui ne sont plus des soignants, cette loi a permis à ces gestionnaires de liquider petit-à-petit les stocks de masques et de supprimer toujours plus de lits dans les différents services, au nom de la sacro-sainte restriction budgétaire. Sa mémoire lui joue des tours, sans doute.

En novembre, le virus commençait déjà à se propager et les alertes s'accumulaient sur les réseaux sociaux. Difficile de croire que les gouvernements des pays capitalistes n'aient pas été mis au courant du risque de pandémie qui couvait. Au même moment, alors que les hospitaliers battaient le pavé, comme de nombreuses fois pendant cette année 2019, la seule réponse de Macron aura été de leur envoyer les CRS. Tout un symbole !

Alors, les belles promesses que font aujourd'hui nos gouvernants selon lesquelles « rien ne sera plus comme avant », qu'il y aura « un changement de paradigme », que « la santé est un bien commun » n'engagent que ceux et celles qui ont la naïveté d'y croire.

Jean Liévin et Simon Costes

Pour en savoir un peu plus : Bacilles, parasites, virus… Des épidémies d'origines diverses

2020-03-30T14:08:19Z

Avec le développement des vaccins et des antibiotiques, les populations des pays riches n'ont plus connu de véritables épidémies depuis la fin du xx^e siècle, la poliomyélite y étant officiellement éradiquée à la fin des années 1990. Aujourd'hui, c'est près d'un tiers de la population mondiale qui se trouve confinée dans l'espoir de limiter la propagation de l'épidémie de maladie à coronavirus. Une manière brutale de rappeler que les épidémies, quelles qu'elles soient, sont loin d'avoir disparu de la surface du globe.

Trois grands types d'épidémies

On peut globalement distinguer trois grands types d'épidémies, selon l'agent pathogène qui en est responsable : les épidémies à bacille (comme la peste, la tuberculose ou le choléra), les épidémies à virus (comme l'actuelle maladie à coronavirus ou la maladie à Ebola), et les épidémies à parasite (comme le paludisme, également connu sous le nom de malaria).

Un bacille est une bactérie, un être vivant constitué d'une seule cellule, se reproduisant par division cellulaire dès qu'il se trouve dans un environnement propice à sa croissance, c'est-à-dire un animal-hôte dans le cas d'une infection.

Un parasite est également un organisme vivant, généralement unicellulaire dans le cadre des maladies infectieuses, mais dont la structure cellulaire est plus complexe que celui d'une simple bactérie. Ces êtres présentent la particularité d'avoir un cycle de reproduction en plusieurs étapes dont l'une est l'infection d'un hôte.

Enfin, les virus sont des entités à part. Considérés comme des êtres vivants par certains scientifiques mais pas par tous, leur structure ne comprend pas l'essentiel des molécules nécessaires à leur fonctionnement, donc à leur reproduction. Ils doivent ainsi infecter les cellules, plus complexes, d'un organisme pluricellulaire afin de détourner leur machinerie moléculaire pour produire de nouvelles particules virales, les virions, qui se propageront vers une nouvelle cellule en détruisant l'ancienne.

Pour qu'on commence à parler d'une épidémie dans le cadre d'une maladie infectieuse, il faut qu'elle se propage dans une proportion relativement importante de la population. Le caractère épidémique d'une maladie n'est pas seulement une notion d'échelle. Il faut également que celle-ci soit transmissible d'un organisme à un autre, entre humains ou entre humains et animaux. Ainsi, les maladies chroniques touchant une forte proportion de la population, comme le diabète ou les maladies cardiovasculaires, ne présentent pas ce caractère transmissible. On ne peut donc pas parler d'épidémie dans leur cas, malgré un nombre de malades important et en hausse.

Les épidémies à bacille

Les épidémies à bacille sont des infections de l'organisme provoquées par une bactérie. Cet agent pathogène peut être hébergé par un animal-hôte, pour lequel il peut également, mais pas forcément, être pathogène, avant d'être transmis par contact avec l'homme. C'est le cas de la peste, provoquée par la bactérie Yersinia pestis et transmise par l'intermédiaire d'un animal-hôte, sans doute la puce du rat.

Il est également possible d'être infecté par ingestion d'aliments ou d'eaux contaminées. Le choléra, dont le bacille Vibrio cholerae est présent dans les eaux souillées, se répand encore chaque année de manière extrêmement rapide chez les populations n'ayant pas accès à l'eau potable.

Ces maladies sont généralement traitées à l'aide d'antibiotiques, des molécules s'attaquant plus ou moins spécifiquement à la bactérie pathogène, qui détruisent la source de l'infection ou qui aident l'organisme à la détruire par lui-même. Les découvertes de la pénicilline dans un premier temps, puis de la streptomycine et du chloramphénicol, ont permis l'éradication quasi-totale de ces maladies dans les pays industrialisés. Pourtant, l'émergence de souches bactériennes résistantes aux antibiotiques usuels fait craindre une résurgence de ces maladies dans les pays industrialisés, et donc potentiellement de nouvelles épidémies qu'on y croyait disparues.

Les épidémies à virus

Ces épidémies résultent d'un virus qui apparaît chez un animal-hôte avant d'être transmis à l'homme. La maladie à coronavirus actuelle trouve probablement son origine chez une espèce de chauve-souris, pour laquelle le virus n'était pas pathogène, avant sa transmission à un pangolin, dont la chair est prisée des populations de la région du Hubei en Chine. La variole serait quant à elle apparue chez des rongeurs africains, avant de se transmettre à l'homme et de provoquer régulièrement pendant des siècles des épidémies mortelles.

Le seul traitement contre ce type de maladies, qui ne consiste pas seulement à lutter contre les symptômes mais bien à faire disparaître l'agent pathogène, résulte dans la mise au point d'un vaccin. Le principe consiste à inoculer chez un sujet sain une forme inoffensive du virus pour qu'il développe des défenses immunitaires dirigées contre le virus. Cette technique a permis à l'Organisation mondiale de la santé d'éradiquer complètement la variole de la surface de la planète dans les années 1960, à la suite d'une campagne de vaccination massive des populations. Pour être efficace, la vaccination doit cependant être administrée à un nombre suffisant de personnes dans la population (de l'ordre de 70 %, mais cela varie en fonction des maladies). La remise en cause de son efficacité par le mouvement « antivax » a ainsi permis la réapparition de la rougeole, et des morts associées, dans des régions d'où elle avait complètement disparu.

Les épidémies à parasite

Tout comme les épidémies à bacille, les épidémies à parasite résultent de l'infection d'un organisme par un autre être vivant. Mais là où il s'agissait de bactéries dont des antibiotiques sont connus, l'agent pathogène de ces dernières épidémies est un organisme plus complexe pour lequel il n'existe généralement aucune molécule antibiotique simple. Ainsi, la désormais fameuse chloroquine a longtemps été utilisée comme antipaludique, mais son activité est aujourd'hui presque inefficace dans les zones où la maladie est endémique. Les recherches sont toujours en cours pour développer des traitements efficaces au paludisme, dont la première apparition connue chez l'homme est estimée à 50 000 ans avant notre ère.

L'épidémie actuelle

L'épidémie de maladie à coronavirus appartient à la catégorie des épidémies à virus. Les deux stratégies pour y mettre fin sont connues des scientifiques depuis le début :

attendre que la maladie se soit propagée dans la population et ait provoqué une immunité chez un nombre suffisant de personnes pour devenir inoffensive. Cette stratégie dite d'« immunité collective » (herd immunity en anglais) a été initialement adoptée par Boris Johnson au Royaume-Uni et Donald Trump aux États-Unis, avant d'être finalement abandonnée devant l'estimation du nombre impressionnant de décès qu'elle aurait provoqué ;
développer un vaccin et organiser de grandes campagnes de vaccination auprès de la population.

En l'absence de vaccin, dont on estime la durée de mise au point entre un an et dix-huit mois, la seule solution reste donc de limiter la propagation de la maladie le plus possible pour éviter la saturation des systèmes de santé, et donc limiter le nombre de décès de malades qui ne pourraient pas être pris en charge. Une stratégie de longue haleine, compliquée par des années de politique de réduction des capacités d'accueil et de prise en charge des hôpitaux, ainsi que l'absence de toute planification dans l'organisation du système de santé, de la production de médicaments ou du matériel médical à l'administration des soins.

Une préoccupation des épidémies à géométrie variable

L'épidémie de maladie à coronavirus est volontiers présentée par les politiques comme un phénomène auquel l'humanité n'aurait pas été confrontée depuis longtemps. C'est oublier un peu vite que si la population des pays industrialisés a été relativement épargnée par les maladies infectieuses depuis le milieu du xx^e siècle, la grande majorité de la population du globe vit en permanence sous leur menace. L'Afrique subsaharienne notamment paie chaque année un lourd tribut aux virus comme Ebola, qui a touché l'Afrique centrale en 2014 et qui continue aujourd'hui à sévir en l'absence de traitements efficaces. Mais c'est également le cas de l'Inde qui, avec l'Afrique, est un des principaux foyers de l'épidémie de paludisme, maladie presque aussi ancienne que l'humanité et responsable de centaines de milliers de décès chaque année. Sans parler de la tuberculose, dont on connaît pourtant un traitement, qui provoque encore des millions de morts chaque année dans les pays pauvres…

Jusqu'à présent, les dirigeants des grandes puissances capitalistes se préoccupaient assez peu du sort des pays comme l'Inde ou la République démocratique du Congo, en matière d'épidémies, tant que ça ne touchait pas leur économie et la source de leurs profits. Et il y a encore quelques mois, les Macron, Buzyn et Philippe regardaient d'un œil distrait ce qu'il se passait à Wuhan, comme si cela ne pouvait de toute façon que se cantonner aux pays d'Asie du Sud-Est. Aujourd'hui, c'est la population des vieilles puissances impérialistes qui commence seulement à payer le prix de leur arrogance et de leur irresponsabilité dans la gestion de la santé des populations.

Simon Costes

Pour en savoir un peu plus : Comment se propage une épidémie, et les différentes mesures pour y remédier

2020-03-24T09:19:51Z

(Photo : CDC)

L'épidémie actuelle de coronavirus est une crise sanitaire d'ampleur comparable à celle de l'épidémie de grippe espagnole de 1918-1919 et de grippe asiatique de 1956-1958. L'objectif de cet article est de faire le point sur les mécanismes de propagation d'une épidémie, et les différentes mesures pour y remédier.

1 – Comment se propage une épidémie

À ses débuts, une épidémie suit une progression exponentielle [1], c'est-à-dire que le nombre de cas double périodiquement ; pour l'épidémie actuelle, cette période est de l'ordre de cinq à six jours. Un paramètre clé de la propagation est appelé R₀, c'est le nombre moyen de personnes contaminées par un patient infectieux : si un infecté contamine plus d'une personne saine durant sa maladie alors l'épidémie se propage, sinon elle s'éteint. L'épidémie ralentit soit lorsqu'une part suffisante de la population est immunisée, via un vaccin ou parce qu'elle a attrapé la maladie et en a guéri, soit en réduisant la contagion : en guérissant les malades, ou en réduisant leurs contacts avec des personnes sensibles.

Pour l'instant, aucun vaccin n'est connu ; d'une part car une épidémie est par nature imprévisible, et d'autre part par absence de recherche fondamentale, faute de budgets [2], or en élaborer un prend au minimum 12 à 18 mois. Par ailleurs, laisser le virus se répandre en comptant sur l'immunisation naturelle (c'était le choix initial de Boris Johnson et, à demi-mot, de Macron) est irréaliste, car cela entraînerait une mortalité très importante ; des centaines de milliers de victimes au Royaume-Uni d'après un rapport de l'Imperial College [3]. Compter sur « l'immunité de groupe » sans maîtriser la propagation n'est donc pas une option, notamment à cause du nombre très limité de places adaptées dans les hôpitaux ; l'objectif est plutôt de ralentir et, idéalement, de mettre fin à la contagion.

Des traitements sont à l'étude, élaborés à partir de médicaments existants (élaborer un nouveau médicament est coûteux, long et incertain) ; on parle de « repositionnement ». La choloroquine, un antipaludaire, est un candidat prometteur, et des études sont en cours en vue de sa mise en application. Il serait cependant prématuré d'en généraliser l'usage dès maintenant, car les preuves scientifiques sont pour l'instant insuffisantes : l'étude chinoise citée par le Professeur Raoult est réalisée in vitro, et non sur des patients [4] tandis que l'étude de l'IHU Marseille porte sur seulement 24 patients (son auteur, par un tour de passe-passe logique, explique que tester sur petit nombre de personnes est statistiquement plus significatif [5], ce qui est une aberration), et sa méthode est controversée [6]. Un autre candidat, le remdésivir, testé contre Ebola, est aussi à l'étude mais, s'agissant d'un médicament expérimental, il n'est pas possible à court terme de généraliser sa production et son utilisation.

2 – Les mesures

Pour cette vague de l'épidémie, il faut donc opter pour des mesures non-pharmaceutiques (en anglais NPI– Non pharmaceutical interventions), c'est-à-dire de faire en sorte que les personnes contaminées aient le moins de contacts possibles avec les personnes saines. Il y a pour cela toute une gradation de mesures, de la mise en quarantaine des personnes contaminées à un confinement total.

Comme le virus est très contagieux, mettre les personnes contaminées en quarantaine n'est pas suffisant, c'est pourquoi cette mesure s'est souvent accompagnée de la mise en quarantaine du foyer entier. Mais, comme une part non négligeable des personnes contaminées ne présente pas de symptômes, et que plus généralement, l'on commence à être contagieux avant de présenter des symptômes, ces mesures se sont à leur tour révélées insuffisantes. Cette caractéristique du virus est aussi à l'origine du sous-diagnostic général, qui fait que le nombre de cas réels est largement sous-évalué [7], et cette sous-évaluation entraîne un retard dans la prise en charge de l'épidémie [8].

Des mesures plus drastiques sont donc à envisager. La distanciation sociale consiste ainsi à éviter les regroupements de masse, c'est pourquoi les évènements rassemblant plus de 5000 (puis 1000, puis 100, et ainsi de suite) ont été interdits. Il est également recommandé de se tenir à distance d'au moins un mètre (idéalement deux) les uns des autres.

Le nombre de cas continuant d'augmenter, le gouvernement a par la suite fait le choix de fermer les bars et commerces non essentiels, puis les écoles et universités. Depuis mardi dernier, les déplacements sont également strictement contrôlés.

Le confinement est une mesure radicale, mais nécessaire à ce stade de l'épidémie, qu'il n'est plus possible de contenir au vu de la multiplication du nombre de cas. Et en effet, un élément crucial est le timing : les pays asiatiques, et en particulier Taïwan et la Corée du Sud, en prenant des mesures plus tôt, ont permis de ramener l'épidémie sous un seuil « contrôlable » de manière relativement rapide [9], et dans ces pays il s'agit désormais seulement de maintenir la propagation du virus sous ce seuil, ce qui peut se faire par des mesures moins drastiques : distanciation sociale, rappel des mesures d'hygiène, surveillance des cas connus. À l'inverse, le retard de l'Italie a amené à une surcharge du système de santé (déjà bien mal en point avant la crise), qui oblige les médecins à choisir à qui destiner les soins intensifs ; il en ira prochainement de même en France (c'est déjà le cas dans l'Est). C'est cette surcharge qui est le principal facteur de surmortalité ; étaler la propagation du virus est un moyen de l'éviter. Selon le syndicat des jeunes médecins, le confinement n'est en France pas encore suffisant [10]. Sont pointés du doigt les individus qui n'ont pas pris la mesure des événements, mais que dire des multiples entreprises qui, soutenues par le gouvernement, maintiennent voire font reprendre la production…

Un autre facteur clé est l'information : dépister de manière systématique les cas et les personnes avec qui elles ont été en contact permet de limiter le confinement aux secteurs géographiques touchés par l'épidémie, et d'adapter les mesures au contexte géographique. Comme le dit le D^r Tedros, directeur général de l'OMS, « les pays ne peuvent pas combattre les épidémies à l'aveugle ». C'est de cette manière (et en anticipant) que la Corée du Sud a mis fin à l'épidémie sans avoir recours au confinement [11]. C'est aussi la stratégie choisie par l'Allemagne, même s'il semble que l'épidémie a dépassé le seuil critique où elle est praticable.

Eviter un « effet rebond »

De plus, pour éviter un « effet rebond » au sortir du confinement, il est impératif de pouvoir dépister massivement à cette date [12], sans quoi une nouvelle explosion de la propagation est à prévoir. En effet, dès lors que des cas subsistent dans la population, on sera revenus au même point qu'au début de l'épidémie. Pour l'instant, le dépistage n'est pas la voie empruntée en France, faute de moyens matériels, nouvelle preuve de la grande misère de la santé publique.

3- Ce qui est à prévoir… et ce qui est imprévisible

La trajectoire de l'épidémie en France est comparable à celle de l'Italie. À ce titre, comme le confinement est prolongé jusqu'au 15 avril et durci en Italie [13], il en sera probablement de même en France. La durée totale du confinement est impossible à prévoir car elle dépendra fortement de son observance, et en particulier de l'entêtement du gouvernement et des entreprises à maintenir la production coûte que coûte. Pour donner un ordre de grandeur, à Wuhan, le confinement a duré 57 jours [14]. Ce qui est aussi imprévisible, et dépendra fortement de facteurs comme la disponibilité ou non de tests de dépistage, c'est la possibilité d'un rebond au sortir du confinement, et donc d'une nécessité de se confiner à nouveau. De même, nous ne disposons pour l'instant d'aucune donnée sur la possibilité que le réchauffement des températures à l'arrivée de l'été mette un coup d'arrêt à la propagation du virus ; le cas de l'Australie (où c'est en ce moment l'été) sera à cet égard éclairant.

La limite des modèles

Enfin, d'aucuns [15] utilisent des modèles pour en tirer des chiffres visant à prévoir le nombre de morts liés à l'épidémie. Si la démarche permet d'alerter sur l'importance du danger, elle est toutefois trompeuse : un modèle est utile pour observer des tendances, mais il est basé sur des simulations qui dépendent d'un grand nombre de paramètres, dont la plupart ne peuvent pour l'instant pas être évalués de manière fiable.

C'est pourquoi les projections du nombre d'infectés, si elles permettent d'avoir un ordre de grandeur, ne donnent en réalité que peu d'informations sur ce qu'il en sera en réalité. A fortiori pour le nombre de morts, le taux de létalité du CoViD-19 est pour l'instant difficile à estimer, faute d'en répertorier systématiquement les cas, et variant énormément en fonction des pays, et notamment de la répartition des classes d'âges et de la robustesse du système de santé. De plus, un modèle repose sur un certain nombre d'hypothèses qui, sitôt invalidées, le rendent caduc. Ainsi, le modèle de l'Imperial College, en faisant abstraction de la possibilité de répertorier les cas connus, par exemple via le dépistage, empêche de constater l'efficacité d'une telle politique [16]. Il faut donc prendre garde à la portée accordée aux modèles : la science ne lit pas dans le marc de café, et ne peut se baser que sur des données soigneusement établies.

24 mars 2020 – Martin Castillan

[1] Les simulations du Washington Post, bien que volontairement très simplificatrices car elles supposent que les individus interagissent de manière totalement aléatoire (comme les particules d'un gaz), permettent d'avoir une idée plus précise : https://www.washingtonpost.com/grap...

[2] cf le témoignage éclairant de Bruno Canard, chercheur au CNRS : https://universiteouverte.org/2020/....

[3] https://www.imperial.ac.uk/media/im.... Le rapport cite le chiffre de 500 000, mais ce chiffre est issu de nombreuses extrapolations, seul l'ordre de grandeur est donc à retenir.

[4] https://www.nature.com/articles/s41...

[5] https://www.marianne.net/societe/la...

[6] http://curiologie.fr/2020/03/chloro...

[7] https://www.lemonde.fr/les-decodeur...

[8] https://science.sciencemag.org/cont...

[9] https://usbeketrica.com/article/cov...

[10] https://www.francetvinfo.fr/sante/m...

[11] https://science.sciencemag.org/cont...

[12] https://www.huffingtonpost.fr/entry...

[13] https://www.sudouest.fr/2020/03/22/...

[14] https://www.europe1.fr/societe/coro...

[15] Le plus relayé étant Tomas Pueyo, https://medium.com/@tomaspueyo/coro...

[16] C'est la raison pour laquelle l'étude de l'Imperial College, qui ne prend pas en compte le suivi des cas dans son modèle, prévoit une nouvelle vague de contagion à la fin des mesures de confinement https://www.academia.edu/42242357/R...…_